Hace noventa y siete años, la Tierra fue destruida por una guerra nuclear. Solo cuatrocientas personas lograron salvarse en doce naves que fueron enviadas al espacio. En el presente, las doce naves están conectadas como una sola llamada El Arca, que ha visto incrementar su población a casi cuatro mil personas, lo que ha derivado en la escasez de alimentos.

Las autoridades del Arca han tomado medidas como el control de natalidad y la pena de muerte para garantizar su supervivencia. En secreto, han enviado a un grupo de cien jóvenes delincuentes a la Tierra para averiguar si el planeta es habitable nuevamente. Para los chicos es un planeta totalmente desconocido y deben dejar a un lado sus diferencias para enfrentar los peligros y asegurar la supervivencia de la especie humana y la de ellos mismos.

Clarke, Finn, Raven y Bellamy luchan por rescatar a los cuarenta y siete chicos que continúan en Monte Weather antes de que sean drenados para tratar las enfermedades de los habitantes de la montaña. Abby, Kane y Jaha intentan mantener a su gente unida y encontrar más supervivientes del resto de las naves. Ambos grupos deben enfrentarse a los hombres de la montaña, quienes interfieren sus comunicaciones y los atacan con peligrosas y tóxicas armas; así como a los terrestres, cuya líder clama venganza por la masacre de los habitantes de una tribu a manos de Finn, por lo que Clarke debe tomar una dolorosa decisión.